魏华存为了使上清派的功夫深入人心，她把《黄庭内景经》加以修订，并予注述，撰为定本，传抄问世。 道门传言，晋兴宁三年，魏华存降临琅玡王司徒公府舍人杨羲宅，告杨清规戒律，解说方术要诀，以《上清经》三十一卷亲授杨羲，并让他用隶书写出，再传给丹阳许谧、许翙父子，二许又另抄写传习。东晋末年，战乱纷起，杨与二许先后去世，许翙之子许黄民携《上清经》避乱浙东，从此浙东盛传上清派。上清派后传南朝齐、梁道士陶弘景，隐居茅山四十余年，建道观、收弟子，著书传道，弘扬上清道法，使茅山成为上清派传教中心。 茅山、龙虎山、阁皂山合称江南道教“三山符箓”，一直延续至今。 开宗立派并非易事，为此南岳夫人魏华存不得不采取非常手段。她开创了上清派传承常见的一种方式：真灵下降。神仙下凡直接传授道法。传授魏华存道法的有西汉道士王褒，以及西王母等。 上清派的实际传法人为二代祖师杨羲真人。杨羲四岁时魏华存便已羽化。若干年之后，杨羲号称得到了魏华存下降传授，口授了很多上清派经籍，正式形成上清派。 上清派从根基上撼动了五斗米道。五斗米道信奉的为太上老君。上清派为与之抗衡，直接抬出了新的最高神祇元始天尊。太上老君沦为三清之一，并且在三清之中敬陪末座。 上清派不断发展壮大，因此元始天尊在道门中的影响力变得牢不可破。即便是李唐王室自称是太上老君的后裔，也无法动摇元始天尊三清之首的地位。 上清派的修行方式与五斗米道也大不相同。上清派的主要经典为《大洞真经》，主要强调“存思”的修炼方法。注重人之精气神，通过炼神，以达到炼形的效果。 和五斗米道不同，上清派不重视符箓、炼丹，特别排斥房中术。上清派认为人之百脉关窍都有各种各样的神祇分别镇守，所以存思存神才是修炼的正道。