终局之战后，乌丸莲耶带着自己返老还童的梦死去，酒厂一干人被抓。秀一和透子各自返回自己的岗位，基德仍然在寻找潘多拉的宝石，平次返回大阪准备高中毕业，毛利夫妇仍然分分合合，小兰得知了真相。
午夜，博士家。
灰原一手端着咖啡，一手翻着女性杂志问：“江户川，你到底要在博士家赖到什么时候？”
柯南双手背在脑后躺在沙发上，无语地说：“我有什么办法啦。小兰知道我的身份后接受不了，然后把我赶了出来。因为赤井先生的身份曝光，我家又暂时处于被调查中，只能来阿笠博士这里避避风头了。”
“嗯？是吗。看来只有等毛利小姐消气，你这位不速之客才会离开喽。”
柯南抽了抽嘴角，瞪了灰原一眼：“你很啰嗦欸。解药研制的进程怎么样了，不是已经拿到APTX-4869的原始数据了吗。我已经等不及想变回原来的样子了。”
灰原翻杂志的手顿了顿，抬头看了柯南几秒道：“我和博士已经在抓紧时间研制了，成功率蛮高的，不过还需要再等一段时间。毕竟没有先例，我要确保解药万无一失。”
柯南遗憾地叹了口气：“好吧。你尽量快一些啦，我真的很需要原来的身份。有什么我可以帮忙的尽管吩咐！”
灰原喝了口咖啡，淡淡道：“可惜大侦探你不懂研发呢。怎么，想用工藤的身份去找毛利小姐认错吗？不过以她的性格大概没有在怪你就是了，可能在生自己的气吧，气自己没有认出你，直到最后也没有帮上什么忙。”
提到小兰，柯南笑了笑，满眼温柔：“那个笨蛋。我就是怕她会这样想，所以才一直隐瞒的。总之，灰原你加快进程啦，现在的身体行动起来真的很不方便。”
说完，柯南跳下沙发，回了自己的卧室准备睡觉。灰原继续在客厅看杂志，半小时过去了，杂志也没有被翻过一页。灰原无意识地摩挲着杯沿，陷入自己的思绪。
江户川，你真的这么想变回原来的身份吗。
几天后，步美、光彦、元太一行人来博士家玩。灰原拉着柯南到一边悄悄说：“博士和我要研制解药没有时间带他们玩，他们今天就交给你了。”说完，灰原转身离开客厅。
步美抱着足球道：“小哀，你不和我们一起去踢足球嘛？”
“昨天晚上稍微熬了一点夜，有点不太舒服，就不去了，你们和江户川一起去吧。”
步美担心地说：“啊，怎么这样。那我也不要去了，我留下来照顾你吧。”
光彦附和：“对啊，我们怎么能丢下灰原同学你一个人呢。”
灰原的眼神柔和了一点，温柔道：“谢谢你们。不过我没有问题的，睡一觉就会恢复了，你们就放心地去玩吧。”
就在光彦和步美犹豫不决时，元太突然大叫：“啊！遭了。已经9:30了，再晚就赶不上假面超人的抽奖了！”
步美瞪了他一眼，但终究抵不过假面超人的诱惑，问道：“小哀你真的可以吗？”
“嗯。”
“那我们先走咯。”
“回头见。”
目送几个孩子带着激动的神色离开，灰原弯了弯眼睛，到底还是小孩子。
时间一分一秒地过去，博士家的地下室里不时传来交流声。随着机器运转的声音越来越小，灰原和博士眼底迸发出一道光亮，成了！
“我回来了。今天又发生了一起案件，凶手……”
玄关处传来开门的声音，是柯南。
博士看了看灰原，有些怜爱地说到：“小哀……我们要不要先暂时隐瞒新一。他并不清楚你对他的感情……你还可以和他再相处一段时间……”
地下室的灯光打在灰原身上，使她的脸隐藏在黑暗中，看不清神情：“没有用的，博士。他们之间已经没有别人插足的余地了，而且……”姐姐的脸在灰原脑海中闪现，渐渐与小兰的脸重叠。“我希望，他们都可以得到幸福。”
“唉。”博士叹了一口气，默默将灰原抱在了怀里，无声地安慰着她。
地下室的门被打开，柯南疑惑的声音传来：“灰原、博士？你们在干什么？”
灰原转身退出博士怀里道：“没什么。江户川……解药已经做好了。”
柯南三步并作两步走下台阶，兴奋地说：“什么？真的吗？太好了！”
灰原指了指实验桌上的两颗绿色胶囊：“那就是了。解药服下后大概两小时就会发挥作用，期间会伴随身体异常高温、心悸等现象，但这些都是正常的。等到这些现象消退，你就能够彻底变回工藤新一了。”
柯南拿着手中的药，看了看灰原郑重道：“灰原，谢谢你了。”说完，立马吞下一颗胶囊，然后回卧室等待药效发作。
柯南的背影消失在视野中，灰原拿起实验桌上的另一颗胶囊，举起来在灯光下看了一会儿，然后把它扔进了手边的一管溶液中。
江户川，再见了。
博士来不及阻止：“小哀……”
原始数据已经在解药研制成功的时候毁掉了，小哀手中的是唯一一颗能够让她变回宫野志保的解药了。
“博士。”灰原道，“经过大量的服药实验，我体内APTX-4869的毒性已经降低了很多，虽然我不能变回原来的样子，但它已经不能再抑制我的身体正常发育了。”
转身面向博士，灰原灿烂一笑：“所以，我要从小学生开始长大了，以后也请多多指教。”
阿笠博士看着灰原的笑脸愣了愣，欣慰道：“呵呵呵，那当然。”小哀啊，你终于释怀了。