在南京坐等消息的孙中山等人接到宋教仁的电报后顿时大乱。南京临时政府这边立刻分成了两大派：一派是以孙中山和一众文官为首，他们主张对袁世凯姑息迁就；另一派则以黄兴等一众武官为首，主张以牙还牙打掉袁世凯的嚣张气焰，用武力逼迫袁世凯乖乖就范。
让众人大为不解的是，素来文质彬彬且前番力主与袁氏和谈的邱有斌这次却坚决主张“来点狠的”！其在南京政府的紧急商讨会上唾沫四溅慷慨陈词：妥协也是有底线的！我们要以斗争求和平！
担任南京临时政府大元帅的黄兴则用断了两根手指的右手连连猛拍桌子：糊涂啊糊涂！我们现在退一步他袁贼就能进一尺，我们退一尺他袁贼就能进一丈！
然而终究还是“主和派”占了上风。孙中山以中华民国临时大总统的名义给袁世凯发报，正式同意其在北京就职。