子牙亲自前往辕门，这次他让韦护使用降魔杵，一种更为强大的法器，对余元进行攻击。
面对无法直接处决余元的困境，子牙和衢留孙最终决定将余元暂时囚禁，直到取得关口的胜利后再决定如何处理他。衢留孙提出了一个更为长久的解决方案，建议制造一铁柜将余元沉入北海，以此彻底消除威胁。
子牙立即下令铁匠急造铁柜，铁柜制成后，余元被放入其中。衢留孙随后指派黄巾力士将装有余元的铁柜抬至北海，投入海中，使其沉入海底。黄巾力士完成任务后，回报衢留孙完成了法旨。
余元被沉入北海的铁柜，由于铁柜是由五金之物制成，而金水相生的道理，导致这个本意为了制服余元的措施反而成了助他逃脱的媒介。利用水遁之术，余元成功逃出铁柜，直奔碧游宫下的紫芝崖。
到达紫芝崖后，余元由于仍被捆仙绳所绑，无法直接与截教的门人联系或见到掌教师尊。这一转折不仅展示了余元强大的逃脱能力和水遁术的威力，同时也展现了他在面对困境时不屈不挠的精神。
此时的余元，虽然暂时安全，但仍处于一种束缚状态，无法自由行动。
忽然余元听到有人说话！
余元在紫芝崖下呼救，恰好被水火童儿发现。水火童儿询问余元的身份及其所遭遇的不幸，余元随即将自己是金灵圣母门下，蓬莱岛的一气仙余元，以及被姜子牙沉入北海后侥幸逃生的经历告诉了水火童儿。
水火童儿急忙将余元的遭遇报告给金灵圣母。金灵圣母听后愤怒非常，立即前往紫芝崖，发现余元的困境后，她的怒气更甚。随后，金灵圣母去见通天教主，将余元的情况详细汇报，并请求通天教主伸出援手，以挽救余元的颜面，也为教中门徒讨回一个公道。
通天教主询问余元当前的位置，得知他仍在紫芝崖后，便下令将余元抬回。
余元被抬到碧游宫前时，截教门人纷纷表现出愤怒和不满，因为他们看到自己的同门余元遭受了这样的对待。当掌教师尊到达时，宫内铜钟和玉磬的声音响起，营造出一种庄严肃穆的氛围。教主一见到余元的狼狈模样，感到十分难堪，并立即采取行动。
教主首先使用一道符印封在余元身上，然后用手轻轻一弹，捆仙绳便自动解开了。这一幕象征着教主的威力和对门徒的关怀。随后，教主指示余元进宫，并赐给他一件特殊的物品——穿心锁，命令余元去将衢留孙带来见他，但同时强调不得伤害衢留孙。
余元携带穿心锁这一宝物，利用土遁术迅速穿越大地，很快就到达了汜水关。他的到来很快被报事的马匹报告给了关中，韩荣得知后立即下阶迎接，表达了对余元安全归来的欣慰和对先前事件的关切。
余元向韩荣讲述了自己被姜尚（子牙）用铁柜沉入北海的遭遇，以及他如何借助小术逃脱，并从师尊那里借得穿心锁这一宝物，表达了他复仇的决心。余元请求韩荣准备他的五云驼，并准备出关，显然是为了向子牙及其势力报复。
余元骑上五云驼，直奔周营辕门，明确表示他只要找衢留孙决战。消息传至子牙耳中，子牙立刻召见在营的衢留孙商议对策。衢留孙分析了余元能从北海逃生并下山挑战的原因，认为通天教主可能赋予了余元某种强大的法宝。他建议子牙接受余元的挑战，同时准备再次捕捉余元，以解当前的危机。
随后，子牙按照计划行动，军旗展开，他亲自率军迎战余元。余元大声挑战子牙，希望定出胜负。战斗刚一开始，衢留孙便巧妙地使用了捆仙绳，再次成功地捕获了余元。
余元被再次捕获，子牙和衢留孙面对如何处理余元的问题陷入了困境。他们认识到仅仅依靠五行之术是无法彻底解决余元问题的，因为余元身为截教门人，拥有高深的道术，难以被简单杀死。他们担心如果余元再次逃脱，将会带来更大的麻烦。
在子牙和衢留孙正为余元的处置而犹豫不决时，陆压道人的到来改变了局势。子牙与衢留孙出营迎接陆压道人至中军帐内，余元见到陆压道人，恐惧至极，深知自己的处境极为不妙。
余元向陆压求情，希望他能够饶恕自己这一次，承诺从此改过自新，不再敢于违逆西岐军队。然而，陆压道人的回答严厉而决绝，指出余元逆天行事，已经触犯了天理，且他的名字早已在封神榜上，表明他的命运已由天命决定，陆压道人的角色只是执行天意的使者。
陆压道人进行了一系列仪式性的动作，包括焚香、向昆仑山下拜，然后从花篮中取出一个葫芦放在香案上。当他揭开葫芦盖时，从中射出一道白光，形成了一种特殊的象征，上面浮现出一个有眼有翅的物体，长度约七寸五分。
随后，陆压道人吩咐那个神秘物体转身，物体在白光之上旋转了数圈。在这个过程中，余元的命运被最终封印，他的头颅惊险地从脖颈上落下，象征着余元的生命终结和他在封神榜上的命运得到了实现。
在陆压道人使用飞刀斩了余元之后，余元的灵魂已经被封入封神榜，预示着他的仙缘彻底终结，但他的肉身处理方式还需考虑。子牙本想通过号令来处理余元的遗体，陆压却提出另外的看法，指出余元虽然行为逆天，但仍拥有仙体，如果直接暴露遗体，将不符合道教的礼仪。
因此，陆压建议用土掩埋余元的遗体，既能尊重余元曾经的仙体身份，也符合道教关于尊重亡灵的传统礼仪。这样的处理方式，既体现了对余元个人的一种尊重，也彰显了对天道和仙法的敬畏。
完成了对余元的最后处理后，陆压道人和衢留孙向子牙告别，各自返回山中继续他们的修行生涯。
得知余元已死，韩荣在银安殿召集众将共议当前形势。他认识到，在余元这样的强敌不再之后，面对子牙麾下众多道术高