一番交谈之后，长门确定了接下来自己要走的路，他将弥彦的尸体做成了傀儡，成为了轮回眼能力之下的天道，取名为佩恩，将其视为晓组织唯一的首领。
自此，晓组织重新建立，长门操控的佩恩为首领，成员则是小南，带土和小九。
因为长门轮回眼力量的爆发，被誉为忍界半神的半藏因此丧命，长门屠杀了当时在场除了小南之外所有的忍者，将半藏的死亡隐藏了下来。
紧接着他铲除了所有效忠半藏的忍者，最后以绝对的实力统领了雨忍村。
随后他打着半藏的名号，让整个忍村停止了大部分的外交，将雨忍村整个封闭了起来，开始慢慢的，将雨忍村打造成了一个与世隔绝的状态。
做完这一切，第三次忍界大战也彻底停止了下来，忍界再次陷入了短暂的和平，各大忍村开始了休养生息。
而被他们作为战场的小国家内，无数的如同长门一样的战争孤儿上演起了他们自己的故事。
至于小九，他的住所从山岳墓场的地下变成了雨忍村，在长门忙着清理效忠半藏忍者的时候，他充当着打手替对方清理着障碍。
就这么忙了一段时间之后，雨忍村终于变成了上下一致的声音，长门为了安置外道魔像在雨忍村的中央修建了一座高塔，小九的住所就在高塔的旁边。
简单的安置了下来之后，他们开始按照佩恩的嘱咐，招收忍者扩大晓组织，为之后的计划做着准备。