通指挥和治安管理，官方公务安保警戒、案件侦破搜查、抢险救灾和应急处理等警察系统的工作。
情报司：情报收集和处理，情报相关的保卫和防御工作。
科学司：除了常规官员之外，专门设博士职务，以官方和的著名学者和工匠们充任。
博士不定员，由朝廷出资供养，专职从事科技、工程、文化方面的研究，本身品级以成果和贡献定。
吴王实验室工匠们，朱简烜的真传弟子们，都被放进了科学司当博士。
部门机构基本确定之后，朱简烜看着手上的人员履历表，将原本职务与现在吴国个部门有一定关联性的官员，安排到各个清吏司署理职务。
根据后续情况决定是否原地转正。
所有清吏司主官郎中，品级暂定正五品，是大明清吏司郎中的正常品级，与秘书府的秘书们平级。
所有郎中全部由吴王本人亲自任命，也全部只听命于吴王。
在地方上，开始整合灾民组成的临时护卫军团，逐步改编为正常的民事机构——县。
暂定每四个护卫军团的人员组成一个县。
若是一个地方驻扎的军团数量不到四个，说明当地情况比较特殊，也按照一个县的规格组建。
瀛洲和白云两片群岛都只有两个护卫，也各自组建一个县。
南澳群岛只有一个卫，也设立一个县。
随着持续输入大明的移民，这些县的人口会发展起来的。
与此同时，所有的县，全部直属于中央朝廷，县以上暂时不设任何分管机构。
一个卫的指挥使，理论上是正三品的官员，而知县只是正七品的官员。
虽然文武官员品级不能直接比，但八级的差距还是大了点。
最初正常组织的几个卫的移民，不会直接转成县。
只有本来就是文官管理，由灾民迅速组建起来的护卫军团全部改成县。